Холиварофорум

Не все, что говорят на Холиварке — правда!

Вы не вошли.

Объявление

Холиварка празднует День Чтеца!
Ознакомиться с праздничными чтениями можно в соответствующем разделе

#1 2022-06-12 16:27:33

Анон

анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Привет, холиварка.
Как нетрудно догадаться из названия, я пишу магистерский тезис. В силу природной бестолковости и всяких других препятствий, в которых я, конечно, совершенно не виноват, честное пионерское, получается это с глубоко переменным успехом. Вначале анон попробовал старую добрую стратегию жаловаться любому, кто станет слушать, чем утомил всех вокруг, но тезис магическим образом не стал писаться быстрее. Тогда анон решил завести рабочий дневник, чтобы не только жаловаться, но и не забывать, что и когда делал, иначе восстановить последовательность событий потом не сможет даже команда криминалистов. Самому с собой вести беседы оказалось скучновато, ну и вот.

Вы находитесь здесь, как говорится.



Если все пойдет как надо, это будет рабочий журнал с элементами дыбра и смищных шутеек. С одной стороны, кому какое дело до технических подробностей, а с другой - это так себе секрет, чай не ракеты производим. (Фан факт: в отличие от аноновой бабушки, которая и правда когда-то, еще в СССР, занималась то ли ракетами, то ли ПВО.)


Чуть не забыл добавить, что свой драгоценный тезис анон пишет в Англии, так что антураж будет соответствующий. 
А называться я буду, допустим, анон-аналитик. А все почему? Потому что "биолог" - это, строго говоря, слишком широко, технически я молекулярный генетик, но и это широковато. Именно с аналитической специализацией я надеюсь выйти из этого испытания, а мечтать не вредно.

#2 2022-06-12 17:07:15

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Анон пишет:

я пишу магистерский тезис.

Удачи :lol:

#3 2022-06-12 17:08:18

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Анон пишет:

Удачи :lol:

Спасибо, анончик =D


Худо-бедно выстроенный график работы над проектом прямо сейчас успешно слетел с рельсов, и виной тому презентация промежуточных результатов, которую департамент анона мечтает, аж кушать коллективно не может, провести завтра. В глубине души анон уверен, что это все нужно, чтобы доказать организатору курса, что его подопечные заняты хоть чем-нибудь отдаленно полезным, а не пинают болты с марта в надежде потом накалякать тезис по-быстрому за неделю до сдачи. Увы, просто явиться под светлые начальственные очи мало, придется показаться комиссии с формальной презентацией. Презентовать анон не любит, потому что не может отделаться от ощущения абсолютнейшей бессмысленности этого занятия, а делать бессмысленные вещи невыносимо неловко. Увы-2, ассистент*, который всю дорогу помогает анону с работой, испытывает к презентациям столько энтузиазма, что приходится готовиться.
Пока анон добился следующих успехов:
1. слепил слайды, залил их на общий сервак, зашел посмотреть чужие и тут же осознал, что все сделал неправильно, но метаться уже поздно. Ну и пожалуйста, ну и не нужно.
2. сочинил речь, внес туда миллион поправок по настоянию ассистента (в этом есть справедливость - его это все волнует, а меня не очень, пускай хоть один из нас будет доволен), но выучить не выучил. По-моему, она не той длины, я путаюсь в кусках, и по ней можно задать много неудобных вопросов, но с ней хотя бы можно прийти на комиссию, а мне того и надо. Мои ожидания от себя и своего перформанса в целом очень расслабленная штука.
*Ассистент, конечно, не мой, а научного руководителя, но это будет постоянный персонаж.

Есть какая-то показательная ирония в том, что вместо того, чтобы доучивать речь, я пишу всякие глупости в безблог, но выводов, конечно, сделано никаких не будет.
💻 аналитик

Отредактировано (2022-06-12 17:09:52)

#4 2022-06-12 17:56:54

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Как ты крут анон, удачи с магистерской!

#5 2022-06-13 00:37:51

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Целый день по-честному читал и перечитывал свою речь, чтобы запомнить, что говорить, и не растеряться, но так и не запомнил. Вообще эта тактика изначально провальная, анон привык не учить, а нести чушь своими словами, но тут многовато технических нюансов, которые нужно передать точно.

Где-то посреди процесса написал руководитель и пожелал услышать репетицию. До этого я его не видел пару месяцев как минимум и был не слишком рад. Не потому, что не видел (справедливости ради, он подавал грант, а это ужасная морока, да и "плывите, сосиски" здесь - это абсолютно нормальная практика), а потому, что именно сейчас, когда я собираюсь выставлять себя в худшем свете, ему понадобилось заявиться. Нет бы зайти, когда я сияю новообретенными познаниями в юниксе, и похвалить мой гениальный скрипт-конвертер.
Гениальный - потому что работает. Как и говорил, у меня довольно низкие требования.

Научник, впрочем, довольно приятный человек, мы поболтали, он прислал мне собственные слайды в помощь, и я все ему простил.



Репетиция прошла… не так ужасно, как я ожидал, хотя мне опять вручили ворох правок - естественно, совершенно не в тех местах, что предыдущие, что лишний раз доказывает, какая это вкусовщина. Зато я впервые за все время поймал нужный хэдспейс, чтобы говорить, и почти не путался.

Ассистент тоже навязывался послушать, но анон сделал вид, что не увидел сообщение. Очень по-взрослому, знаю, знаю. Он славный, мне нравится с ним работать, но иногда я бы предпочел, чтобы он участвовал поменьше (ему ведь за это даже не платят!). Это все создает абсолютно ненужное напряжение, которого и так хватает.



Очень ободряет мысль, что завтра с этим так или иначе будет покончено к 12 ровно, и совершенно неважно, получится плохо или хорошо - галочку за явку мне поставят.
💻 аналитик

Отредактировано (2022-06-13 00:38:32)

#6 2022-06-13 00:40:11

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Анон пишет:

Как ты крут анон, удачи с магистерской!

Не настолько, как хотелось бы, но все равно спасибо :heart:


Помимо, собственно, написания тезиса у анона есть еще одна цель: управлять поез–ах, если бы. На самом-то деле к осени или хотя бы к зиме анону нужно быть в позиции комфортно себя чувствовать с основными аналитическими инструментами. Андерград был хорош, но на 90 процентов состоял из теории. Магистратура была даже лучше, но и там теории было больше, чем обучения, как, собственно, работать. Сейчас у меня есть базовое понимание R, представление о самых классических пайплайнах и питоне на уровне "смотрел демонстрации" и три месяца юникса методом бросания в воду. Для будущей счастливой сытой аналитической жизни этого категорически недостаточно, так что анон насобирал курсов и твёрдо вознамерился всему научиться сам, но пока отвлекает все подряд, в особенности - сам тезис.
Трэкер привычек говорит, что уже две недели как этот план разлагается, как забытая на грядке редиска. Это никуда не годится, так что stay tuned, рубрика самообразования в погромиста обязательно вернется.
💻 аналитик

Отредактировано (2022-06-13 00:41:05)

#7 2022-06-13 02:02:37

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Анон пишет:

Для будущей счастливой сытой аналитической жизни этого категорически недостаточно, так что анон насобирал курсов и твёрдо вознамерился всему научиться сам, но пока отвлекает все подряд, в особенности - сам тезис.

Эх, анон, я бы, конечно, рекомендовала бы тебе сходить на ОДС и поискать там себе ментора (вполне реалистично), но, блин, они до сентября переезжают со слака на матрикс и с регистрацией примерно никак.
Но в любом случае, удачи тебе, анон!

#8 2022-06-13 10:20:01

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

ого, биологи на холиварке! (хотя ты конечно сказал, что это слишком широко, но всё равно радостно, что есть тут люди, которые хоть каким-то боком соприкасаются)
анон-биолог поменбше (только заканчивает бакалаврат, диплом защитить осталось) подпишется

#9 2022-06-13 10:26:33

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Успешно просадивший на магистерской нервы анон-биолух посмотрит, как в Англии мастерские дела делаются

Удачи в написании!

#10 2022-06-13 11:32:57

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Анон пишет:

рекомендовала бы тебе сходить на ОДС

Все равно за совет благодарен. Я все-таки в первую очередь биолог, так что в ресурсах для дата сатанистов и прочих кодеров ориентируюсь из рук вон плохо, мне все пригождается. этот юзер полгода назад узнал про гитхаб и изумился

Привет коллегам! :rainbow:

Анон пишет:

ого, биологи на холиварке!

Ну, я все еще вхожу в эту область, бэкграунд - чистый биофак, просто у меня есть страшный для биолога порок характера - я не выношу что полевую, что лабораторую работу :lol: Мое ультимативное стремление - каким-нибудь боком пристроиться к биоинформатике и сидеть красивому за ноутбуком как наш ассистент, а к лабе приближаться только забрать данные.
Удачи тебе с дипломом! Если вдруг захочешь рассказать про свою тему и направление, feel free, мне всегда интересно, чего там у соседей.

Анон пишет:

как в Англии мастерские дела делаются

Пока у меня ощущение, что более похоже на то, что у стран СНГ, чем финальная работа бакалавриата. Потому что диплома, например, у меня как такового не было. Был проект, который, конечно, занял полгода ебли, но был строго ограничен по объему райт-апа, никакого полета мысли на сто+ страниц, как мне рассказывали товарищи через границу. А вот в магистерском уже можно.

Отредактировано (2022-06-13 11:33:14)

#11 2022-06-13 12:28:46

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Ура, биохоливарка! Подпишусь как личинка (первокур) биокринженера, послушаю старших)

#12 2022-06-13 13:51:31

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Анон, а как ты попал в заграницы к своему тезису?)

#13 2022-06-13 17:55:23

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Анон пишет:

Ура, биохоливарка! Подпишусь как личинка (первокур) биокринженера, послушаю старших)

Здорово, анон! Биокринженерия - отличный выбор, надеюсь, ты доволен.
Хотя, вспоминая мой собственный стартовый год, первое, что сделал наш супервизор - это посоветовал не кидаться забирать документы в ужасе, хотя желание наверняка возникнет, и потерпеть хотя бы до второго курса =D

Анон пишет:

Анон, а как ты попал в заграницы к своему тезису?)

К сожалению, мой опыт не очень типичный. К сожалению в том смысле, что бесполезен для людей, которые хотят перевестись на европейский рут после университета, как чаще всего делают, когда хотят написать тут мастерс. Я в этой стране заканчивал старшую школу (11-13 классы), так что даже на бакалавриат поступал в общем потоке с местными, без дополнительной сдачи английского и всяких таких шагов.
А как изначально попал... у меня было много друзей-биологов, некоторые уже работали, некоторые учились. И все как один не советовали на эту специальность идти в России. Как раз выяснилось, что биофак МГУ, на который я изначально смотрел, тот еще аттракцион. Встал вопрос, что поравалить, и выяснилось, что это проще сделать на уровне школы, но только если потянешь экзамены в общем порядке. Но местные после-11 намного проще ЕГЭ, аналог ЕГЭ тут после 13 класса, так что я вполне потянул.

#14 2022-06-13 18:00:55

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

К итогам презентации. Анон молодец, и лапки его пригодны к любому делу!
Было совсем не так плохо, как могло бы, а теперь мы на вольных хлебах (в вопросах официальных дедлайнов) аж до конца августа. Единственный настораживающий момент - это вопросы. Над собратьями из мокролабы комиссия поиздевалась на все деньги, спрашивали все, о чем могли додуматься, а мне досталось несколько уточнений и пошутить с экзаменатором. Надеюсь, это не потому, что они нихуя не поняли и решили не заморачиваться. Может, дело в информатике? Скрипты и программы им никто не покажет (заметка на будущее: in-house program - универсальный способ увильнуть от любого прояснения деталей), протоколов нет, придраться не к чему. Наверное. Это все как-то чуточку тревожно, но зачем думать о каких-то баллах, если можно радоваться жизни?

Кстати, о дедлайнах. Тезис нужно сдать ~двадцать пятого августа, а вива аж в двадцатых числах сентября. И куда, спрашивается, предполагается употребить этот месяц? Я могу потратить любое количество времени на то, чтобы пинать болты, но ведь не могли они заложить время на болты.
Приятно удивлён, что придерживаюсь графика не хуже всех в группе - у половины нет ещё даже черновика интро, а у меня оное уже давно готово. Можно начинать набрасывать методы, но вначале нужно разобрать проделанные этапы. Безблог я завел в том числе и для этого, так что жди меня, папка со скриптами, я тебя еще расшифрую.


Последние несколько недель в сказании о тезисе развивается арка в арке: необходимость поменять ноутбук. Так сложилось исторически, что ноутбука у анона два, рабочий и тот, на котором анон просаживает небожеские часы в игры. Оба уже в преклонном возрасте, оба пора бы заменить, но условия не позволяют сделать это разом. Хотел бы я сказать, что принял взрослое и ответственное решение начать с рабочего сам, но на самом деле даже желание пускать новые релизы на красивых настройках не может пересилить фрустрацию, которую причиняют попытки обрабатывать большие сеты на недотягивающей машине. Рабочий ноутбук греется, издает страшные звуки и выполняет одну задачу полчаса. Если бы он был человеком, он бы думал о смерти каждый день.
Претерпев невыносимые муки выбора между двумя практически одинаковыми моделями, я все-таки определился, согласовал финансы и сел терпеливо дожидаться у моря погоды. Замена должна была произойти на прошлой неделе и сорвалась, но уж в этот-то раз..! Пока сижу, рассматриваю ворох стикеров, которые заказал, чтобы сразу обжить новую машинку. Старую решил оставить на роли архива, хоть и грозился продать на дрова всю дорогу. Все равно за него в трейд-ине почти ничего не дают.
💻 аналитик

#15 2022-06-14 16:16:30

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Все утро ведем какой-то смутный спор про офис. В офисе анон был один раз, потому что никакой реальной причины тащиться за половину ветки, чтобы вместо своего родного стола сидеть за неудобным чужим в компании двух других людей, нет, но ассистенту офис дорог как память.

Спор очень вежливый и ходит по закольцованным рельсам, а выглядит следующим образом.
Ассистент: анон, мы тут в офисе...
Анон: мне приехать?
Ассистент: если хочешь.
Анон: не хочу, но если нужно - то приеду.
Ассистент: я никого не хочу заставлять, но мы ведь в офисе.
Анон: так я вам там нужен?
Ассистент: да не то чтобы, но вот если ЗАХОЧЕШЬ.

И так двадцать пять раз.
Кто вообще в здравом уме захочет туда ехать?

Под конец надоело настолько, что ассистент пообещал прислать новые границы для фильтра и скрылся с радаров. Пока он там ходит, анон преисполнится-таки в познании и послушает кусок курса по питону.
! Не забыть уточнить билд, когда все-таки принесет. Он, конечно, хочет переформатировать все с новым фильтром from scratch, но я что-то не в восторге от этой мысли.
💻 аналитик

#16 2022-06-14 18:48:45

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Отлично, вот сейчас-то мне рабочий журнал и пригодится.

технический дневник

На этой прекрасной ноте подожду дальнейших указаний.
Туториалы не смотрел, весь день возился с фильтром. Жаль, очень жаль ©
💻 аналитик

Отредактировано (2022-06-14 18:49:34)

#17 2022-06-15 18:59:25

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Сегодня ничего полезного не делали, начальство изящно исчезло в закат, так что я был предоставлен сам себе. Технически рабочий день еще не закончился бы, даже если бы был нормированным, но раз уж за мной никто не приглядывает - я сам себе великодушно позволю закончить пораньше. Выходных-то не было, все разумно и очень оправданно.
Нельзя сказать, чтобы я не делал совсем ничего.

технический дневник

Воспользовался пустым днем и наконец припал к питону, выбрав для старта аналог того курса по юниксу, который мне приглянулся в самом начале. Пока все на повторение, я это уже видел, но так даже лучше, чтобы потом не возвращаться к основам. Скачал книжку Think Python, которую вроде как советуют как раз для наших целей, но как-то не знаю, у меня не идет с учебниками, даже очень хорошими. Полистаю на досуге, она, в конце концов, бесплатная и есть не просит.
💻 аналитик

#18 2022-06-17 19:32:21

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Командочка занята, указаний никаких не поступает, так что анон по-прежнему предоставлен сам себе. Более благоразумный человек бы попытался уточнить, точно ли остается только ждать, но я никогда не отличался особенной ответственностью, так что, в общем, сижу. К тому же бедного анона преследуют непредвиденные обстоятельства: вчера с трудом встал с постели, а сегодня у нас отвратительно жарко, плакали мои планы почитать в парке.
Приходится читать питон. Беру обратно свой комментарий про учебник, это вещь не полностью бесполезная, хотя и видеоуроки тоже не сказать чтобы лишние. Пока оставлю то и то, раз основной график провисает. Они друг друга повторяют в значительной степени, но разными словами, что выгодно для закрепления.
Больше всего беспокоит, не перемешается ли питон с юниксом в голове. Они достаточно похожи и достаточно разные, чтобы это была реальная угроза для растяпы вроде анона, а я и так работаю медленно и печально от недостатка опыта.
Но как же жарко, боже мой.
💻 аналитик

#19 2022-06-21 23:23:13

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Жара не спадает, ноутбук перегревается, анон тоже. Будем считать, что это оправдывает перерывы в дневнике и общую непродуктивность.
Вчера ассистент наконец-то вернулся в мир живых и сказал: конвертируй-ка, анон, весь датасет из одного билда в другой. Зачем, если у нас уже есть все интересующие места, которые я конвертировал маленькими кусочками, чтобы не затевать километровые процессы - загадка, которой нет разрешения. Но нет худа без добра! Ноут, конечно, эти махинации не вывозит, и анона запустили на рабочий сервер. До этого меня учили работать на университетском кластере, но в целях исключительно демонстрационных, зашли, полюбовались мощностями, охраняемыми готовым выдать по шапке админом, вышли. Этот сервер принадлежит нашей лабе исключительно, так что там можно резвиться в свое удовольствие, когда старшим он не нужен. Пока пересобирал скрипт, нашел две ошибки, обе на внимательность, тут ничего нового, но плохо, что с такими терминал не поможет - откуда ему знать, что на выходе получается ерунда, если она синтаксически верная? Жизненный урок тут где-то в области "результат надо инспектировать глазами и лично". Наверное.
По итогу двух дней анон:
- научился перекладывать файлы на общем сервере. вот вы смеетесь, а это, между прочим, отдельная история. все, что не на родном ноутбуке, где его можно щупать в свое удовольствие, кажется анону каким-то воображаемым и избыточно условным, как мнимые числа;
- научился запускать вычисления фоном. наверное. я как-то не убежден, что они попадают, куда надо;
- сделал полную конвертацию! почему-то для всего, кроме двадцатой хромосомы, хотя это были двадцать два абсолютно одинаковых файла под абсолютно одинаковыми операциями. двадцать один результат выглядит осмысленно (десять миллионов строчек - как глубокие темные воды, там может крыться что угодно, но хотя бы голова у этих кадавров на месте), а один мертворожденный. потом еще посмотрю.

технический дневник

И, на совершенно несвязанной ноте, анон успел получить анализ по второму датасету, которым занимался ассистент. Анализ был анону торжественно вручен с наказанием полюбоваться и сделать выводы, но, как и все в этом направлении, это документ, в котором много строчек с числами, и анон пока не понимает, какие числа - те самые.
💻 аналитик

Отредактировано (2022-06-21 23:24:01)

#20 2022-07-19 22:05:40

Анон

Re: анон-биолог в плену тезиса [yescom][учеба][дыбр]

Можно подумать, что анон взял да и разложился на плесень безо всякого меда, но на самом-то деле у меня просто не было совершенно никакого настроя заниматься делом. Хорошая ли это мысль, когда до дедлайна остался месяц? Конечно, нет, но тут уж ничего не поделаешь.

За это время анон с какими-то совершенно неоправданными трудностями доделал-таки конвертацию, потом переделал ее еще раз, уже без ошибок, но я еще не настолько очухался от трудовой (или нетрудовой? ну, в общем, fuck around and find out) комы, чтобы пересказывать эту поразительную историю, поэтому кратенько:
- все 22 файла готовы, программа ассистента запущена но не на них, потому что он успел сделать собственные, хотя закончили мы с ним в одно время. вот и зачем я старался
- жизненный урок 1: оптимизация - это не только загадочный концепт из учебников для айтишников; я бы препарировал вариант ассистента в образовательных целях, да он на языке, который анон даже палкой не трогал
- жизненный урок 2: если head файла выглядит нормально, у него есть еще tail.

А пока я жду результаты анализа своего злосчастного сета, следующими шагами разумно будет доделать саммари-таблицу по чужому сету и описать ее и методы заодно. Волну аномальной жары мы почти пережили, ноутбук анон счастливо поменял, остается только надеяться, что дальше я буду сам с собой сотрудничать, чтобы не саботировать тезис на финишной прямой.
💻 аналитик

Отредактировано (2022-07-19 22:06:35)

Подвал форума

Основано на FluxBB, с модификациями Visman
Доработано специально для Холиварофорума